A la demande des ministres ayant dans leurs attributions la Santé ou la Sécurité sociale, de la Commission de nomenclature ou de la Caisse nationale de santé, le travail de la CEM se développe principalement autour des trois axes suivantes:
- Avis et expertises: Les détails sont consultables dans la rubrique "Avis".
- Analyse des données de santé et de sécurité sociale.
- Collaboration méthodologique notamment par l'expertise méthodologique pour le Conseil scientifique dans le cadre de l'élaboration de guidelines pour la pratique médicale.
