De par leurs expertises en santé publique, les collaborateurs de la CEM participent à plusieurs groupes de travail (GT) et commissions institués sous l'égide des ministères de la Santé et de la Sécurité sociale ainsi que des assurances sociales.
La CEM participe également à plusieurs réseaux regroupant des agences et des professionnels travaillant dans le domaine de l’évaluation des technologies de santé (HTA pour Health Technology Assessment).
Ces activités lui permettent de participer à des travaux d'expertise menés en partenariat avec d'autres agences, de bénéficier des méthodologies développées et des travaux des agences reconnues dans le domaine et d'accroître son réseau d’experts.